《沉默的艦隊》故事描述，一艘隸屬美軍第七機動艦隊的核能潛艦海蝙蝠號，在首度潛航測試中，向隨行的美軍潛水艦隊發動攻擊後消失於小笠原海域。據未經證實消息顯示，海蝙蝠號為美日聯命建造，且配備大量核武，軍方此舉已明顯抵觸日本憲法所規定非反核三原則；此外，艦上乘員為原日本海上自衛隊潛艦山波號的官兵所編成，海蝙蝠號叛逃的意圖及動向備受關係。